1、種植分散，規(guī)模效益較差、標(biāo)準(zhǔn)化生產(chǎn)程度較低。由于藥農(nóng)實力有限，種植分布分散，成片種植少，集約化程度較低，正如江西泰和縣的車前子，家家戶戶像種花生一般，難以標(biāo)準(zhǔn)化。另外，藥材種植區(qū)域多在山區(qū)，信息和交通落后造成種植難以規(guī)?；?，好比曾為“藥材生產(chǎn)紅旗縣“的重慶巫溪，太白貝母、大寧黨參等特色品種，目前種植規(guī)模太小，批量供應(yīng)能力很低，在市場交易中難以形成氣候。

2、重視生產(chǎn)，不重技術(shù)與管理，造成質(zhì)量較次。很多基地重產(chǎn)量輕質(zhì)量，濫用化肥、農(nóng)藥，導(dǎo)致中藥材品質(zhì)下降，同時也缺乏技術(shù)指導(dǎo)和跟蹤服務(wù)，不能保持對中藥材在正常生長過程中的監(jiān)測預(yù)報與田間管理，好比石柱黃連基地，很多連農(nóng)疏忽基地管理，出現(xiàn)各類黃蟲病害，甚至出現(xiàn)了政府在黃連種植基地上給予的化肥補貼，農(nóng)戶用于種菜。

3、只管生產(chǎn)，不管市場行情，信息閉塞。一些基地或盲目跟風(fēng)，重復(fù)建設(shè)，如三七高價位時候，賣廠賣房湊錢去文山包地的大有人在?；蚵耦^發(fā)展生產(chǎn)，不進行深入的市場調(diào)研與前景分析，種植品種單一，價賤滯銷，如江西梔子豐產(chǎn)不豐收。

4、買賣雙方不透明，種植與銷售脫節(jié)。中藥材種植生長管理較為粗放，供需信息交流不暢，缺乏長期的利益供給機制，價格起伏幅度過大，阻礙了中藥產(chǎn)業(yè)健康發(fā)展。